在HACCP的運用過程中，使用微生物標準，是進行關鍵控制監(jiān)測最有效的方法。關鍵控制點監(jiān)測也可用物理、化學及感官評估等方法來完成。

1、危害分析
要從原料的生產(chǎn)、加工工藝步驟以及銷售和消費的每個環(huán)節(jié)可能出現(xiàn)的多種危害（包括物理、化學及微生物的危害）進行確定，并評價其相對的危害性，提出預防的措施。

2、關鍵控制點（CCPS）的確定
關鍵控制點是指那些若控制不力就會影響產(chǎn)品的質量，從而危害消費者身體健康的環(huán)節(jié)。一般說來，關鍵控制點要少于6個。一旦被確定為關鍵控制點則都要照例進行監(jiān)測。所以說，關鍵控制點的選擇是HACCP系統(tǒng)的主要部分。

3、設定管制CCPS的標準
對已經(jīng)確定的每一個CCPS，都必須制訂出相應的管制標準和適當?shù)臋z測方法。經(jīng)常管制的標準包括：時間、溫度、水份活度（a.）、PH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機氯濃度等。

4、標準設定后，每一個CCPS都必須進行例行監(jiān)測，以確保每一環(huán)節(jié)都維持在適當?shù)墓苤茽顟B(tài)下。每次CCPS檢測的結果都要進行認真記錄、存檔，便于今后對可能出現(xiàn)的事故進行分析鑒定。

5、CCPS修正計劃
當發(fā)現(xiàn)某一個CCPS超出管制標準，應有臨時性修正計劃，該計劃包括如何使CCPS回復到再管制狀態(tài)以及建議在CCPS超出管制標準期間所生產(chǎn)的產(chǎn)品如何處理。

6、HACCP系統(tǒng)有效性確認
HACCP系統(tǒng)有效性確認是通過對最終產(chǎn)品進行微生物、物理、化學及感官檢測來完成的。特別是微生物檢測是最為有效的確認指標，但微生物檢測法通常不直接用來檢測CCPS。有效性確認可以是廠家自查或請政府檢測機構來完成。
作用： 運用HACCP可以系統(tǒng)地對水產(chǎn)品生產(chǎn)、流通和消費中的危害及風險進行分析。在水產(chǎn)品的生產(chǎn)初期應用HACCP，可以對一些特別的危害和控制措施進行識別，當產(chǎn)品的安全控制與生產(chǎn)加工過程溶為一體時，可以減少對最終產(chǎn)品的測試，資源得到有效利用。HACCP的原則應該貫徹于魚從養(yǎng)殖場到餐桌的食品安全過程中，從而提高消費者對養(yǎng)殖產(chǎn)品的信任度。
HACCP體系在水產(chǎn)品中的運用已在國際上得到重視。歐盟和北美已強制實行HACCP。美國FDA（1994）證實，在美國的水產(chǎn)品加工方面，因為HACCP的運用，已經(jīng)防止了大約20%～60%由水產(chǎn)品攜帶的各種疾病。一些國際組織提倡協(xié)調執(zhí)行HACCP。不采用或不執(zhí)行HACCP的國家最終將失去水產(chǎn)品的出口貿易，由此帶來的經(jīng)濟損失將是巨大的。